Input FIle format XYZ File , POSCAR and Domain.latvec

MUsmanJaved007

Dear Users
In RESCU it is difficult to visualize the material file and atomic structure separately. In different examples we can call xyz file, using the tag atom.xyz or atom.fracxyz. But the factor domain.latvec in multiple undetermined to either visualize or edit with each given examples and materials. Is there any possibility that I can call my cif or POSCAR file in to RESCU function in order to have a separate material file for calculation purposes as well visualization. I have illustrated this problem below.

====================================================|
LCAO.status = true
info.savepath = 'results/nio_lcao_scf'
info.calculationType = 'self-consistent'
**atom.fracxyz = 'nio_111.xyz'**
**domain.latvec = 4.1705*[1 0.5 0.5;0.5 1 0.5;0.5 0.5 1];
,→ units.domain.latvec = 'a'**
domain.lowres = 0.3
element(1).species = 'Ni'
element(1).path = './Ni_TM_LDA.mat'
element(1).ortho = [0 0 0 1 1]
element(2).species = 'O'
element(2).path = './O_TM_LDA.mat'
functional.libxc = 0
==============================================
info.calculationType = 'self-consistent'
info.savepath = './results/si_real_scf';
element(1).species = 'Si';
element(1).path = './Si_TM_LDA.mat';
**atom.xyz = 10.2104 * ...**
22
4.8. Example: bulk Si cubic cell
[[ 0 0 0]
[ 0 0.5000 0.5000]
[0.5000 0 0.5000]
[0.5000 0.5000 0]
[0.2500 0.2500 0.2500]
[0.2500 0.7500 0.7500]
[0.7500 0.2500 0.7500]
[0.7500 0.7500 0.2500]];
atom.element = ones(8,1);
domain.latvec = 10.2104*diag([1,1,1]);
==============================================================

vincentm

Hi, if you want to paste code, you can use ``` to open and close a markdown section. For instance,

import numpy as np

Regarding you suggestion, would the following cover it

LCAO.status = true
info.savepath = 'results/nio_lcao_scf'
info.calculationType = 'self-consistent'
atom.fracxyz = '/path/to/POSCAR'
domain.latvec = '/path/to/POSCAR'
units.domain.latvec = 'a'
domain.lowres = 0.3
element(1).species = 'Ni'
element(1).path = './Ni_TM_LDA.mat'
element(1).ortho = [0 0 0 1 1]
element(2).species = 'O'
element(2).path = './O_TM_LDA.mat'
functional.libxc = 0

MUsmanJaved007

Dear vincentm Thanks for the prompt reply. However I came across following error . I am using MATLAB R2019b.

info.calculationType = 'self-consistent'
info.savepath = 'results/Au_scf';
atom.element = [1 1]
atom.xyz = 'C:/Users/canel/Desktop/RESCU/test/POSCAR'
domain.latvec ='C:/Users/canel/Desktop/RESCU/test/POSCAR'
domain.lowres = 0.5
element.species = 'Au'
element.path = './Au_TM_LDA.mat'
kpoint.gridn = [4,4,4]
```

`My POSCAR file is as follows:` 
```
Au4                                     

   1.00000000000000     

     4.1712879999999997    0.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    4.1712879999999997    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    0.0000000000000000    4.1712879999999997
   Au
     4
Direct
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.5000000000000000
  0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.5000000000000000
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.0000000000000000
 
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00```

 `otherwise kindly explain the method how to  convert these cartesian co-ordinates and number of atoms into domain.latvec.  and atom.xyz. format. i.e ;
`
```
``atom.xyz = 10.25*[0 0 0;0.25 0.25 0.25]
domain.latvec = 10.25*[0.0 0.5 0.5;0.5 0.0 0.5;0.5 0.5 0.0]``
```

vincentm

Dear MUsmanJaved007
The current interface doesn't take POSCAR files in, but we could easily add that in the next release. In the meantime, for a POSCAR like

Au4                                     
   1.00000000000000     
     4.1712879999999997    0.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    4.1712879999999997    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    0.0000000000000000    4.1712879999999997
   Au
     4
Direct
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.5000000000000000
  0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.5000000000000000
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.0000000000000000

you could simply transfer the lines as

atom.fracxyz = [
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.5000000000000000
  0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.5000000000000000
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.0000000000000000
]
domain.latvec = [
     4.1712879999999997    0.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    4.1712879999999997    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    0.0000000000000000    4.1712879999999997
]

Note the use of atom.fracxyz instead of atom.xyz.

MUsmanJaved007

vincentm The suggested format is not working can you please confirm by running any sort of calculations with above mentioned POSCAR. I shall be thankful to you.

vincentm

This will be handled in the next release (2.7.0), due in a couple weeks. Will keep you posted.

shwhyshwhy

Dear Team,

I am using the new flag:

Flag –convert converts POSCAR files to xyz format and displays copy-pastable keyword values.

However, with rescu -convert POSCAR, I got the below error:

Index exceeds the number of array elements (0).
Error in rescu

Could you please help me to take a look at this issue? This flag is very handy for me! Thanks a lot!

My POSCAR is:

Na108 Cl108
1.0
       17.0750808716         0.0000000000         0.0000000000
        0.0000000000        17.0750808716         0.0000000000
        0.0000000000         0.0000000000        17.0750808716
   Na   Cl
  108  108
Direct
     0.000000000         0.000000000         0.000000000
     0.000000000         0.000000000         0.333333343
     0.000000000         0.000000000         0.666666685
     0.000000000         0.333333343         0.000000000
     0.000000000         0.333333343         0.333333343
     0.000000000         0.333333343         0.666666685
     0.000000000         0.666666685         0.000000000
     0.000000000         0.666666685         0.333333343
     0.000000000         0.666666685         0.666666685
     0.333333343         0.000000000         0.000000000
     0.333333343         0.000000000         0.333333343
     0.333333343         0.000000000         0.666666685
     0.333333343         0.333333343         0.000000000
     0.333333343         0.333333343         0.333333343
     0.333333343         0.333333343         0.666666685
     0.333333343         0.666666685         0.000000000
     0.333333343         0.666666685         0.333333343
     0.333333343         0.666666685         0.666666685
     0.666666685         0.000000000         0.000000000
     0.666666685         0.000000000         0.333333343
     0.666666685         0.000000000         0.666666685
     0.666666685         0.333333343         0.000000000
     0.666666685         0.333333343         0.333333343
     0.666666685         0.333333343         0.666666685
     0.666666685         0.666666685         0.000000000
     0.666666685         0.666666685         0.333333343
     0.666666685         0.666666685         0.666666685
     0.000000000         0.166666671         0.166666671
     0.000000000         0.166666671         0.500000000
    -0.000000000         0.166666671         0.833333371
     0.000000000         0.500000000         0.166666671
     0.000000000         0.500000000         0.500000000
     0.000000000         0.500000000         0.833333371
     0.000000000         0.833333371         0.166666671
     0.000000000         0.833333371         0.500000000
     0.000000000         0.833333371         0.833333371
     0.333333343         0.166666671         0.166666671
     0.333333343         0.166666671         0.500000000
     0.333333343         0.166666671         0.833333371
     0.333333343         0.500000000         0.166666671
     0.333333343         0.500000000         0.500000000
     0.333333343         0.500000000         0.833333371
     0.333333343         0.833333371         0.166666671
     0.333333343         0.833333371         0.500000000
     0.333333343         0.833333371         0.833333371
     0.666666685         0.166666671         0.166666671
     0.666666685         0.166666671         0.500000000
     0.666666685         0.166666671         0.833333371
     0.666666685         0.500000000         0.166666671
     0.666666685         0.500000000         0.500000000
     0.666666685         0.500000000         0.833333371
     0.666666685         0.833333371         0.166666671
     0.666666685         0.833333371         0.500000000
     0.666666685         0.833333371         0.833333371
     0.166666671         0.000000000         0.166666671
     0.166666671         0.000000000         0.500000000
     0.166666671         0.000000000         0.833333371
     0.166666671         0.333333343         0.166666671
     0.166666671         0.333333343         0.500000000
     0.166666671         0.333333343         0.833333371
     0.166666671         0.666666685         0.166666671
     0.166666671         0.666666685         0.500000000
     0.166666671         0.666666685         0.833333371
     0.500000000         0.000000000         0.166666671
     0.500000000         0.000000000         0.500000000
     0.500000000         0.000000000         0.833333371
     0.500000000         0.333333343         0.166666671
     0.500000000         0.333333343         0.500000000
     0.500000000         0.333333343         0.833333371
     0.500000000         0.666666685         0.166666671
     0.500000000         0.666666685         0.500000000
     0.500000000         0.666666685         0.833333371
     0.833333371         0.000000000         0.166666671
     0.833333371         0.000000000         0.500000000
     0.833333371         0.000000000         0.833333371
     0.833333371         0.333333343         0.166666671
     0.833333371         0.333333343         0.500000000
     0.833333371         0.333333343         0.833333371
     0.833333371         0.666666685         0.166666671
     0.833333371         0.666666685         0.500000000
     0.833333371         0.666666685         0.833333371
     0.166666671         0.166666671         0.000000000
     0.166666671         0.166666671         0.333333343
     0.166666671         0.166666671         0.666666685
     0.166666671         0.500000000         0.000000000
     0.166666671         0.500000000         0.333333343
     0.166666671         0.500000000         0.666666685
     0.166666671         0.833333371         0.000000000
     0.166666671         0.833333371         0.333333343
     0.166666671         0.833333371         0.666666685
     0.500000000         0.166666671         0.000000000
     0.500000000         0.166666671         0.333333343
     0.500000000         0.166666671         0.666666685
     0.500000000         0.500000000         0.000000000
     0.500000000         0.500000000         0.333333343
     0.500000000         0.500000000         0.666666685
     0.500000000         0.833333371         0.000000000
     0.500000000         0.833333371         0.333333343
     0.500000000         0.833333371         0.666666685
     0.833333371         0.166666671         0.000000000
     0.833333371         0.166666671         0.333333343
     0.833333371         0.166666671         0.666666685
     0.833333371         0.500000000         0.000000000
     0.833333371         0.500000000         0.333333343
     0.833333371         0.500000000         0.666666685
     0.833333371         0.833333371         0.000000000
     0.833333371         0.833333371         0.333333343
     0.833333371         0.833333371         0.666666685
     0.166666671         0.000000000         0.000000000
     0.166666671         0.000000000         0.333333343
     0.166666671         0.000000000         0.666666685
     0.166666671         0.333333343         0.000000000
     0.166666671         0.333333343         0.333333343
     0.166666671         0.333333343         0.666666685
     0.166666671         0.666666685         0.000000000
     0.166666671         0.666666685         0.333333343
     0.166666671         0.666666685         0.666666685
     0.500000000         0.000000000         0.000000000
     0.500000000         0.000000000         0.333333343
     0.500000000         0.000000000         0.666666685
     0.500000000         0.333333343         0.000000000
     0.500000000         0.333333343         0.333333343
     0.500000000         0.333333343         0.666666685
     0.500000000         0.666666685         0.000000000
     0.500000000         0.666666685         0.333333343
     0.500000000         0.666666685         0.666666685
     0.833333371         0.000000000         0.000000000
     0.833333371         0.000000000         0.333333343
     0.833333371         0.000000000         0.666666685
     0.833333371         0.333333343         0.000000000
     0.833333371         0.333333343         0.333333343
     0.833333371         0.333333343         0.666666685
     0.833333371         0.666666685         0.000000000
     0.833333371         0.666666685         0.333333343
     0.833333371         0.666666685         0.666666685
     0.166666671         0.166666671         0.166666671
     0.166666671         0.166666671         0.500000000
     0.166666671         0.166666671         0.833333371
     0.166666671         0.500000000         0.166666671
     0.166666671         0.500000000         0.500000000
     0.166666671         0.500000000         0.833333371
     0.166666671         0.833333371         0.166666671
     0.166666671         0.833333371         0.500000000
     0.166666671         0.833333371         0.833333371
     0.500000000         0.166666671         0.166666671
     0.500000000         0.166666671         0.500000000
     0.500000000         0.166666671         0.833333371
     0.500000000         0.500000000         0.166666671
     0.500000000         0.500000000         0.500000000
     0.500000000         0.500000000         0.833333371
     0.500000000         0.833333371         0.166666671
     0.500000000         0.833333371         0.500000000
     0.500000000         0.833333371         0.833333371
     0.833333371         0.166666671         0.166666671
     0.833333371         0.166666671         0.500000000
     0.833333371         0.166666671         0.833333371
     0.833333371         0.500000000         0.166666671
     0.833333371         0.500000000         0.500000000
     0.833333371         0.500000000         0.833333371
     0.833333371         0.833333371         0.166666671
     0.833333371         0.833333371         0.500000000
     0.833333371         0.833333371         0.833333371
     0.000000000         0.000000000         0.166666671
     0.000000000         0.000000000         0.500000000
     0.000000000         0.000000000         0.833333371
     0.000000000         0.333333343         0.166666671
     0.000000000         0.333333343         0.500000000
    -0.000000000         0.333333343         0.833333371
     0.000000000         0.666666685         0.166666671
     0.000000000         0.666666685         0.500000000
    -0.000000000         0.666666685         0.833333371
     0.333333343         0.000000000         0.166666671
     0.333333343         0.000000000         0.500000000
     0.333333343         0.000000000         0.833333371
     0.333333343         0.333333343         0.166666671
     0.333333343         0.333333343         0.500000000
     0.333333343         0.333333343         0.833333371
     0.333333343         0.666666685         0.166666671
     0.333333343         0.666666685         0.500000000
     0.333333343         0.666666685         0.833333371
     0.666666685         0.000000000         0.166666671
     0.666666685         0.000000000         0.500000000
     0.666666685         0.000000000         0.833333371
     0.666666685         0.333333343         0.166666671
     0.666666685         0.333333343         0.500000000
     0.666666685         0.333333343         0.833333371
     0.666666685         0.666666685         0.166666671
     0.666666685         0.666666685         0.500000000
     0.666666685         0.666666685         0.833333371
     0.000000000         0.166666671         0.000000000
     0.000000000         0.166666671         0.333333343
     0.000000000         0.166666671         0.666666685
     0.000000000         0.500000000         0.000000000
     0.000000000         0.500000000         0.333333343
     0.000000000         0.500000000         0.666666685
     0.000000000         0.833333371         0.000000000
     0.000000000         0.833333371         0.333333343
     0.000000000         0.833333371         0.666666685
     0.333333343         0.166666671         0.000000000
     0.333333343         0.166666671         0.333333343
     0.333333343         0.166666671         0.666666685
     0.333333343         0.500000000         0.000000000
     0.333333343         0.500000000         0.333333343
     0.333333343         0.500000000         0.666666685
     0.333333343         0.833333371         0.000000000
     0.333333343         0.833333371         0.333333343
     0.333333343         0.833333371         0.666666685
     0.666666685         0.166666671         0.000000000
     0.666666685         0.166666671         0.333333343
     0.666666685         0.166666671         0.666666685
     0.666666685         0.500000000         0.000000000
     0.666666685         0.500000000         0.333333343
     0.666666685         0.500000000         0.666666685
     0.666666685         0.833333371         0.000000000
     0.666666685         0.833333371         0.333333343
     0.666666685         0.833333371         0.666666685

vincentm

Dear @shwhyshwhy ,

If you type rescu --flag you will get the flag menu. Type convert and rescu will display

......................... Input Parameter Description .........................
         keyword: flag.convert
     description: --convert converts input files (POSCAR) to XYZ format for RESCU to
read.

Is is possible you forgot an hyphen in the option?

shwhyshwhy

Dear vincentm ,

Yes, indeed! I missed a hyphen. I am sorry!

rescu --convert POSCAR
works perfectly!

It might be better to distinguish the two hyphens more in Table 1.11.1 (link). But I can totally see them after your reminder!

Thank you so much!